深圳社團注冊申請的審批機構是深圳市民政局。深圳社團注冊，是指根據《社會團體登記管理條例》，在深圳市民政局進行社會團體成立登記的法定程序。在這里的社會團體，是指中國公民自愿組成，為實現會員共同意愿，按照其章程開展活動的非營利性社會組織。國家機關以外的組織可以作為單位會員加入社會團體。
根據《中共深圳市委深圳市人民政府〈關于深圳市人民政府機構改革方案〉的通知》（深發20099號），設立深圳市民政局（簡稱市民政局），為市政府工作部門。主要包括：婚姻登記管理、社會福利管理、優待撫恤，退伍、軍休安置，收養管理、全市性社會團體管理、全市性民辦非企業單位管理、全市性基金會管理、殯葬管理。
深圳民政局內設有辦公室、人事處、優撫和雙擁處、安置處、救災救濟和低保處、社會福利和社會事務處、基層政權和社區建設處以及社會工作處等。
深圳民政局的直屬機構有深圳市老齡工作委員會辦公室、深圳市救助管理站、深圳市社會福利中心、深圳市軍供站、深圳市殯葬管理所等。
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