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深圳公司注冊政府機構有很多，投資者須了解清楚，以便不會違反政府規章制度。
深圳工商局（深圳市市場監督管理局）
深圳市市場監督管理局是受理企業登記、產權登記注冊、企業服務、合同監督等的中國國家機關，投資者只有先進行企業注冊登記，才有資格以合法的投資主體投資中國進行商業活動。
在深圳投資，要到深圳市市場監督管理局進行企業登記。投資者可以自己把材料遞交到深圳市市場監督管理局，但其中的程序比較繁瑣。投資者找專業的企業外包服務中心到深圳市市場監督管理局代辦公司注冊事宜，可以節省大量的時間成本。日聰可以為投資者代辦深圳公司注冊及相關事宜。
深圳國稅局（深圳市國家稅務局）
深圳市國家稅務局內設16個行政處（室）、4個直屬機構、5個事業機構，下轄7個正處級全職能區局，即羅湖區局、福田區局、南山區局、鹽田區局、寶安區局、龍崗區局、蛇口國稅局。主要負責增值稅、消費稅、企業所得稅（職責范圍內）、海洋石油企業各項稅收、證券交易印花稅、車輛購置稅等稅收的征收、管理，負責出口退稅等工作。
深圳地稅局（深圳市地方稅務局）
深圳市地方稅務局成立于1994年9月28日，特區內設置了羅湖、福田、南山、鹽田4個區地方稅務局和保稅區地方特區內設置了羅湖、福田、南山、鹽田4個區地方稅務局和保稅區地方稅務局、蛇口地方稅務局，稽查局及一、二、三稽查局；特區外設置了寶安、龍崗區地方稅務局，第四、五稽查局；主要負責全市范圍內的營業稅、企業所得稅（不含金融保險行業企業所得稅）、個人所得稅、房產稅、印花稅（不含證券交易印花稅）、城市維護建設稅、土地增值稅、契稅、耕地占用稅、車船稅、城鎮土地使用稅11個稅種，以及教育費附加、文化事業建設費2項費的征管。同時，還負責代收費3項，包括代市稅務局征收堤圍防護費、代市總工會征收工會經費和代省地稅局征收在深省屬企業社會保險費。
深圳市財政局是研究制定本市財政、財務、會計管理的規章制度并監督執行；管理外國政府和國際金融組織對本市的貸款業務；對本市金融機構實施財務監管；研究政府債務狀況，擬訂政府防范等等
深圳公安局（深圳市公安局）
深圳市公安局是深圳市人民政府下設主管全市公安工作的職能部門，受市政府、廣東省公安廳的雙重領導。各區設有公安分局，各街道設派出所；公安分局與派出所分別接受同級人民政府和上級公安機關領導。深圳市公安局位于廣東省深圳市解放路4018號。
1979年，在原寶安縣公安局的基礎上成立深圳市公安局。1990年7月，設立福田、羅湖、南山三個公安分局。1992年，撤銷寶安縣，設立寶安、龍崗區，分別成立寶安、龍崗公安分局。1998年，設立鹽田區，沙頭角公安分局更名為鹽田公安分局。
深圳市公安局內設機構包括指揮部、政治部、后勤保障處、監察處、審計處、警務督察處、出入境管理處、科技通信處、警衛處、市直機關保衛處、法制處等；直屬機構包括經濟犯罪偵查支隊、刑事警察支隊、交通警察支隊、消防支隊、治安巡警支隊、預審監管支隊、打擊涉電違法犯罪中心等。
深圳質監局（深圳市質量技術監督局）
深圳市質量技術監督局（簡稱深圳質監局）是廣東省質量技術監督局的分支。廣東省質量技術監督局是省政府管理全省標準化、計量、質量、食品相關產品生產加工環節和特種設備安全管理工作及執法監督職能的直屬機構。深圳質監局內設有深圳市食品安全監督管理局、食品安全綜合協調處、食品安全監督管理處、食用農產品質量安全監督管理處、食品市場準入管理處等機構；設有注冊分局、價格監督檢查分局、市稽查大隊、市酒類專賣管理辦公室、肉類市場監督管理所等直屬機構。
深圳質監局貫徹執行國家、省、市有關工商行政管理、質量技術監督、知識產權、食品安全監管和價格監督檢查等方面的法律、法規和政策，起草相關地方性法規和規章草案，經批準后組織實施。負責各類企業和從事經營活動的單位、個人以及外國（地區）企業常駐代表機構等市場主體的登記注冊和監督管理；負責管理標準化工作；指導推行采用國際標準和國外先進標準；組織監督標準的實施工作，監督管理組織機構代碼和商品條碼工作等。
深圳消防局（深圳市公安局消防監督管理局）
深圳消防局貫徹執行消防法律法規，參與編制消防規劃，統籌、指導、監督、協調全市消防監督工作。按照管理權限，依法實施建設工程的消防設計審核、驗收、備案、抽查以及公眾聚集場所投入使用、營業前的消防安全檢查。按照管理權限，對建筑工程使用的消防產品質量和裝飾裝修材料依法進行監督。
深圳消防局內設綜合處、防火處、建審處三個正處級機構。深圳消防局設有深圳市公安局福田分局消防監督管理大隊、深圳市公安局羅湖分局消防監督管理大隊、深圳市公安局南山分局消防監督管理大隊、深圳市公安局鹽田分局消防監督管理大隊、深圳市公安局大鵬分局消防監督管理大隊等10個直屬機構。
深圳環保局（深圳市環境保護局）
深圳環保局，即深圳市環境保護局。深圳市環保局是主管深圳市環境保護工作的市政府直屬機構，現位于深圳市福田區濱河路。深圳環保局主要職能是貫徹執行國家和省有關環境保護的方針、政策和法律法規；擬定深圳市環境保護的法規、規章和標準并組織實施。負責編制深圳市環境保護規劃和計劃；組織編制環境功能區劃；會同有關部門編制深圳市污染物排放總量控制計劃和污染物削減計劃等有關內容。
深圳市環保局是主管深圳市環境保護工作的市政府直屬機構。深圳環保局內設機構有辦公室、政策法規處、規劃處、項目審批處、監督管理處、水源保護處與東深水源保護辦公室。
深圳貿工局（深圳市經濟貿易和信息化委員會）
深圳市貿工局是促進深圳市各項貿易正常平穩運行的監管機構，內設秘書處、行政處、政策法規處、規劃發展處、業務咨詢受理處等10個部門，直屬機構設有市動物衛生監督所、市港澳流動漁民工作辦公室、投資推廣署、市電子政務資源中心等部門。
深圳貿工局貫徹執行國家國內外貿易、經濟合作、外商投資、工業發展(含能源)的方針、政策和法規；擬定經濟貿易(含能源)的法規、規劃、經濟技術政策和年度指導性計劃，并組織實施和監督檢查。深圳市貿工局主要有福田，鹽田，寶安，羅湖，龍崗，南山五個分局。
深圳貿工局負責農業、畜牧業、漁業、海洋經濟、工業、外經貿、商業的行業管理；負責有關行業運行監測、預測預警和信息引導，協調解決有關問題并提出政策建議；負責農業、畜牧業、漁業、海洋經濟、工業、外經貿、商業、保稅區、信息化相關業務資金和專項基金的申報、管理和使用等機構職能。