深圳公司年報的辦理程序如下：商事主體中屬于公司、非公司企業法人、合伙企業、個人獨資企業、企業分支機構的全部實行網上提交年度報告。即商事主體須通過網上年度報告系統按相關提示填寫、提交年度報告。商事主體中屬于個體工商戶的可以采取網上或者紙質形式提交年度報告。個體工商戶采取紙質形式提交年度報告的，需到轄區市場監管所（科）提交。
外國企業常駐深圳代表機構逾期未按規定提交年度報告的，深圳市市場監督管理局責令限期改正，處以1萬元以上3萬元以下的罰款；逾期未改正的，吊銷登記證。
商事主體逾期未按規定提交年度報告的，深圳市市場監督管理局將根據《深圳經濟特區商事登記若干規定》的規定，將其從商事登記簿中移出，載入經營異常名錄，并納入信用監管體系。
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