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隨著社會經濟的發展，產業結構會相應地發生改變，區域產業結構的演替與區域經濟的發展階段密切相關，反過來，產業結構的變化會對經濟的發展產生影響。產業結構轉化的國際潮流是產業高級化，其基本內容是向高附加值的方向發展。深圳經濟特區成立以來，深圳的產業結構發生的快速變化，也是按此趨向發展。
目前，深圳基本建成“以高新技術產業、先進制造業為基礎，以現代服務業為支撐的適應現代化中心城市功能”的新型產業體系。縱觀深圳市1998年—2008年這20多年來的發展，產業結構的變化可以歸納為以下幾個方面：
首先，非農化趨勢明顯。農業為主的第一產業，由于受城市化發展和土地資源的限制，以及農業生產本身的特點所制約，其發展規模和速度，遠不及第二、第三產業，因而比重逐年降低。開放以前，深圳還是個落后的農業社會，但到1996年，第一產業在其國內生產總值中的比重已經下降到1.6%，深圳已成為一個完全的工業社會。深圳的經濟增長主要表現在第二、第三產業的發展。
其次，1993年以前，第二產業發展速度相對快于第三產業，第三產業的比重相對穩定，三次產業構成的變化，主要表現在第一、第二產業的變動上。1993年以來，第三產業發展速度加快，占全市國民生產總值的比重從1993年的42.9%上升到近幾年已接近50%。第三產業與第二產業已形成并行發展的格局。按發展趨勢估計，第三產業在深圳經濟結構中的比重將繼續上升。
第三，不斷優化和升級是深圳市產業結構變化的主趨勢。深圳的產業結構以“三來一補”作為起點，經歷了蛙跳式的演進，使幼稚的高新技術產業很快成長為深圳產業結構中的主導產業和支柱產業。強經濟與技術的結合，使傳統產業逐步引退，高新技術迅速崛起，第三產業蓬勃發展，不斷產生新的經濟亮點。近年來，深圳開始致力于調整和優化產業結構，確立了以高新技術為先導，先進工業為基礎，第三產業為支柱的經濟發展戰略。推動經濟建設由數量型、資源消耗型的粗放經營方式向質量型、效益型、集約化經營轉變，走技術先進和內涵發展的道路，不斷推進產業結構的升級換代。第一產業注重扶持“三高”農業、創匯農業，促進農業生產規模化、產業化；第二產業發展高新技術，加大技術改造力度，提高企業裝備水平和產品技術含量；第三產業以高新技術產業和信息產業、生物技術產業的發展推動全市第三產業上規模、上等級。三大產業結構由1979年的37:21:42調整到2000年的1.2:50.5:48.3，接近發達國家的水平。
第四，各個產業內部的發展變化也相當明顯。農業生產打破“以糧唯一”的單一格局，按貿工農綜合發展的方向調整農業生產布局，使農村經濟從自然經濟向商品經濟轉變，從傳統農業向現代化農業轉變，農業生產朝著集約化經營和外向型方向發展。
第二產業內部結構不斷向著新型化的方向轉化，在不同的發展階段則有不同的支柱產業。特區成立的前10年，“三來一補”的加工業是第二產業的主體，“八五”時期建筑業成為了第二產業中發展為迅速的行業。深圳的高新技術產業從1990年初起步，近10年得到迅速發展，高新技術產業已成為深圳經濟發展第一增長點。1991年全市高新技術產品產值僅22.9億元，1998年達655.18億元，產值年均遞增54.2%，占工業總產值的比重由8.1%提高到35%。隨著深圳發展高新技術產業政策環境、市場環境的不斷完善，深圳已經形成了計算機及其軟件、通訊、微電子等高新技術產業群，并在周邊地區形成了很強的產業配套縱深優勢。
深圳的第三產業隨著經濟的發展，在不同階段也有不同的增長點，呈現出內容多元化、新型化和高附加值的發展趨勢，金融、信息、旅游、商貿、房地產、倉儲、運輸等新興行業已發展成為深圳的優勢產業。到目前，金融業、高新技術產業和現代物流業共同成為了深圳的三大支柱產業。1999年末，深圳金融業增加值占GDP的比重達到13.2%，占第三產業的比重達到27.4%，深圳作為中國兩個全國性證券市場之一和金融機構較多的城市，將逐步發展成為區域性金融中心。再以游泳業為例，多年來，旅游行業一直充滿活力，各項經濟指標均居全國前列，產業地位不斷提高。
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