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針對(duì)不同投資形式(分支機(jī)構(gòu)或當(dāng)?shù)胤ㄈ?的稅收中立性原則 在日本從事經(jīng)濟(jì)活動(dòng)的法人要就其經(jīng)濟(jì)活動(dòng)中所產(chǎn)生的利潤(rùn)在日本繳稅。
但是，為防止跨國(guó)公司在日本從事經(jīng)濟(jì)活動(dòng)時(shí),因其投資方式不同造成稅收不公而采取了相應(yīng)措施。設(shè)立在日本的法人，其全世界的所得成為征稅對(duì)象，然而，當(dāng)其中包含境外所獲利潤(rùn)的場(chǎng)合，該利潤(rùn)已經(jīng)在發(fā)生所得的國(guó)家征稅時(shí)，為避免源泉所得國(guó)與日本的雙重征稅，制定了境外稅額抵扣的規(guī)定，在一定范圍內(nèi)，可從日本的應(yīng)繳稅款中扣除境外已繳納的稅款。
此外，對(duì)外國(guó)法人的日本分支機(jī)構(gòu)也采取了相應(yīng)措施，僅對(duì)其產(chǎn)生于日本的所得部分征
稅，以避免國(guó)際間雙重課稅。
源泉課征或申報(bào)繳納 在日本開(kāi)展業(yè)務(wù)的跨國(guó)公司，當(dāng)其獲得一定的應(yīng)稅收入時(shí)，通過(guò)辦理源泉課征（即代扣代繳）或申報(bào)繳納的手續(xù),計(jì)算和繳納應(yīng)征稅額。
有限責(zé)任事業(yè)組合（日本版LLP→有限責(zé)任經(jīng)營(yíng)合作社）的解散，清算，解散和清算有限責(zé)任事業(yè)組合必須辦理相關(guān)手續(xù)。與解散清算日本法人相同，為了讓債權(quán)人對(duì)清算提出異議，要保留2個(gè)月以上的期限。